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Expériences
Depuis octobre 2008
:
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Enseignant-chercheur en
informatique à l'ESIEE.
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2007-2008 :
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Stage post-doctoral au sein du
projet Asclepios à
l'INRIA,
Sophi-Antipolis
Sujet : Modèle statistique des fibres
du cerveau à partir d'IRM de diffusion
Projet financé par l'ARC
BrainVar, dont le responsable INRIA est Xavier
Pennec
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Octobre
2004-octobre 2007 :
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Doctorat en informatique au
sein du groupe Géométrie
Discrète et Imagerie de l'unité mixte de recherche UMR 8049 dont les
composantes sont le CNRS,
l'Université-de
Marne-la-Vallée et l'ESIEE.
Sujet : Lignes de
partage des eaux discrètes : théorie et application à la
segmentation d'images cardiaques (voir également "Logiciel
de segmentation en ciné IRM 4D")
Directeur de thèse : Laurent Najman.
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Mars-septembre 2004:
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Stage de recherche au sein du
département des Applications Médicales Avancées de General
Electric Healthcare (Buc, France).
Sujet : Recalage d'images CT et
d'images fluoroscopiques cardiaques pour l'aide au
positionnement des cathéters en électrophysiologie
interventionnelle.
Directeur de stage : Régis
Vaillant.
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Mai-août 2003
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Stage de recherche au sein du
département
d'analyse d'images médicales de l'Université de
Pennsylvanie (Philadelphie, USA).
Réalisation théorique : Mise au point
d'une nouvelle méthode de segmentation d'images permettant
d'unifier l'Ecole française (Ligne de Partage des Eaux) et
l'Ecole américaine (Connexité Floue).
Réalisation pratique : Segmentation automatique d'images
IRM cérébrales 3D, dans le but de quantifier le volume des
différents tissus (sains ou malades) du cerveau.
Directeur de stage : Jayaram K.
Udupa.
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Septembre-Octobre 2001 :
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Stage de technicien effectué
dans un laboratoire de recherche de la Délégation Générale de
l'Armement au sein du service
Géographie-Imagerie-Perception.
Sujet : Mise en œuvre d'un télémètre
laser à balayage et élaboration d'algorithmes de cartographie
2D en vue de l'intégration du télémètre sur un robot mobile
autonome.
Directeurs de stage : Delphine Dufourd
et André
Dalgalarrondo.
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Août 2000 et août 1999 :
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Stages d'exécution à la SNECMA
et chez Aventis.
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Formation
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Enseignement
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Centres
d'intérêt
Sport :
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Football, tennis, ski.
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Littérature :
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Boris Vian, Romain Gary, Milan Kundera,
Amin Maalouf ...
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Scoutisme
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Organisation et animation de camps de
scoutisme pour des adolescents de 12 à 15 ans.
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Publications
Chapitres de livres:
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G. Bertrand, M. Couprie, J. Cousty, L.
Najman. Morphologie Mathématique 1 : approches déterministes,
chapitre Ligne de partage des eaux dans les espaces discrets
(pp 123-150). IC2 - Information - Commande - Communication. Hermes
Sciences, 2008.
J. Cousty, L. Najman, M. Couprie. Morphologie
Mathématique, chapitre Segmentation cardiaque
spatio-temporelle. IC2 - Information - Commande - Communication,
Traité en 240 volumes. Hermes Sciences, à paraître.
L. Najman, G. Bertrand, M. Couprie and J. Cousty.
Complex Analysis and Digital Geometry, chapitre Discrete
region merging and watersheds (pp. 199-222). Acta series of
Uppsala University. Proceedings from the Kiselmanfest, 2006,
Edited by M. Passare. Acta Universitatis Upsaliensis. vol 86. 2009.
Note: ISSN 0502-7454, ISBN 978-91-554-7672-4.
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Journaux :
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J. Cousty, G. Bertrand, M. Couprie and
L. Najman. Fusion graphs: merging properties and watersheds.
Journal of Mathematical Imaging and Vision, 30(1) : 87-104,
2008.
Also in Technical Report Institut Gaspard Monge, Number IGM 2005-04,
2005. [pdf].
J. Cousty, M. Couprie, L. Najman and G. Bertrand.
Weighted fusion graphs: merging properties and watersheds.
Discrete Applied Mathematics, 156(15) : 3011-3027,
2008.
Also in Technical Report Institut Gaspard Monge, Number IGM 2007-09.
[pdf].
J. Cousty, G. Bertrand, L. Najman and M. Couprie.
Watershed cuts: minimum spanning forests, and the drop of water
principle. IEEE Trans. on Pattern Analysis and Machine
Intelligence, 31(8): 1362–1374, 2009. [at_publisher]
[pdf]
J. Cousty and G. Bertrand. Uniqueness of the
perfect fusion grid on Z^d. Journal of Mathematical Imaging
and Vision, 34(3): 291-306, 2009. [at_publisher]
Also in Technical Report Institut Gaspard Monge, Number IGM 2008-01.
[pdf]
J. Cousty, G. Bertrand, L. Najman and M. Couprie.
Watershed cuts: thinnings, topological watersheds and shortest
path forests. IEEE Trans. on Pattern Analysis and Machine
Intelligence, 32(5):925-939, 2010, to appear. [at_publisher]
[pdf]
J. Cousty, L. Najman, M. Couprie, S.
Clément-Guinaudeau, T. Goissen, J. Garot. Segmentation of 4D
cardiac MRI: automated method based on spatio-temporal watershed
cuts. Image and Vision Computing, 28:1229-1243, 2010.[pdf]
S. Philipp-Foliguet, M. Jordan, L. Najman, J. Cousty.
Artwork 3D Model Database Indexing and Classification.
Pattern Recognition, 44(3):588-597, 2011.
|
Conférences avec actes
:
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S. Clément-Guinaudeau, T. Goissen, J.
Cousty, J.-L. Dubois-Randé, A. Rahmouni, P. Guéret, J. Garot and L.
Najman. Fully Automated Segmentation of 4D Cardiac Cine-MRI
Dataset in Humans. in Journées Européennes de la Société
Française de Cardiologie. Poster session. (jan. 2006)
T. Goissen, S. Clément-Guinaudeau, J. Cousty, L. Najman, J.L.
Dubois-Randé, A. Rahmouni, P. Guéret and J. Garot. Accurate
Assessment of Left Ventricular Function in Infarct Patients with
Fully Automated 4D Segmentation of Complete Short-Axis Cine-MRI
Dataset. in Journées Européennes de la Société Française de
Cardiologie. (jan. 2006). 2ème prix jeunes investigateurs.
J. Cousty, M. Couprie, L. Najman and G. Bertrand.
Grayscale watersheds on perfect fusion graphs. International
Workshop on Combinatorial Image Analysis 2006, LNCS 4040, pp.
60-73.
J. Cousty, G. Bertrand, M. Couprie and L. Najman.
Fusion graph, region merging and watershed. Discrete Geometry
for Computer Imagery 2006, LNCS 4245, pp. 343-354.
J. Cousty, L. Najman, M. Couprie, S.
Clément-Guinaudeau, T. Goissen, J. Garot. Automated, accurate and
fast segmentation of 4D cardiac MR images. Functional Imaging and
Modeling of the Heart 2007, LNCS 4466, pp. 474-483.
J. Cousty, G. Bertrand, L. Najman and M. Couprie.
Watershed cuts. Mathematical Morphology and its Applications
to Signal and Image Processing, proc. International Symposium on
Mathematical Morphology 2007. pp. 301-312.[pdf]
Cédric Allène, Jean-Yves Audibert, Michel Couprie,
Jean Cousty and Renaud Keriven. Some links between min-cuts,
optimal spanning forests and watersheds. Mathematical Morphology
and its Applications to Signal and Image Processing, proc.
International Symposium on Mathematical Morphology 2007. pp.
253-264.[pdf]
L. Najman, J. Cousty, M. Couprie, H. Talbot, S.
Clément-Guinaudeau, T. Goissen and J. Garot. An open,
clinically-validated database of 3D+t cine-MR images of the left
ventricle with associated manual and automated segmentations.
Insight Journal, special issue ISC/NA-MIC Workshop on Open
Science at MICCAI 2007. [pdf]
J. Cousty, G. Bertrand, L. Najman and M. Couprie.
On watershed cuts and thinnings. Discrete Geometry for
Computer Imagery 2008, LNCS 4992, pp. 434-445.
M. Alcoverro, S. Philipp-Foliguet, M. Jordan, L.
Najman, J. Cousty. Region-Based 3D Artwork Indexing and
Classification. 3DTV Conference: The True Vision - Capture,
Transmission and Display of 3D Video 2008, pp. 393-396, IEEE Computer
Society Press. [pdf]
J. Cousty and G. Bertrand. A uniqueness property
of perfect fusion grids on Z^d. Workshop on Computational
Topology in Image Context, 2008.
J. Cousty, L. Najman and J. Serra. Raising in
watershed lattices. 15th IEEE International Conference on Image
Processing (ICIP'08) , pp. 2196–2199, 2008. [pdf]
J. Cousty, L. Najman and J. Serra. Some
morphological operators in graph spaces. Mathematical Morphology
and its Applications to Signal and Image Processing - ISMM 2009, LNCS
5720, pp. 149-160. [pdf]
[slides]
J. Cousty, G. Bertrand, M. Couprie, L. Najman.
Collapses and watersheds in pseudomanifolds. Combinatorial
Image Analysis - IWCIA 2009, LNCS 5852, pp. 397-410. [pdf]
L. Marak, J. Cousty, L. Najman, H. Talbot. 4D
Morphological segmentation and the MICCAI LV-segmentation grand
challenge. MICCAI 2009 Workshop on Cardiac MR Left Ventricle
Segmentation Challenge, MIDAS Journal, pp. 1-8. [pdf]
F. Dias, J. Cousty, L. Najman. Some Morphological
Operators on Simplicial Complex Spaces. Discrete Geometry for
Computer Imagery - DGCI 2011, LNCS 6607, pp. 441-452. [pdf]
J. Cousty, L. Najman. Incremental algorithm for
hierarchical minimum spanning forests and saliency of watershed cuts.
10th International Symposium on Mathematical Morphology - ISMM
2011, LNCS 6671, pp. 272-283. [pdf]
S. Jehan-besson, C. Tilmant, A. de Cesare, F. Frouin,
L. Najman, A. Lalande, L. Sarry, C. Casta, P. Clarysse, C.
Constantinidés, J. Cousty, M. Lefort, A. Cochet, M. Garreau.
Estimation d'une forme mutuelle pour l'évaluation de la
segmentation en imagerie cardiaque. 23ème Colloque GRETSI -
Traitement du Signal et des Images - GRETSI 2011, à paraître.
J. Lebenberg, I. Buvat, M. Garreau, C. Casta, C.
Constantinidés, J. Cousty, A. Cochet, S. Jehan-Besson, C. Tilmant, M.
Lefort, E. Roullot, L. Najman, L. Sarry, P. Clarysse, A. de Cesare,
A. Lalande, F. Frouin. Comparison of different segmentation
approaches without using gold standard. Application to the estimation
of the left ventricle ejection fraction from cardiac cine MRI
sequences. 33rd Annual International Conference of the IEEE
Engineering in Medicine and Biology Society - EMBC 2011, à paraître.
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Brevets :
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R. Vaillant, J. Sra, J. Cousty, F.
Kotian. Method and system for registering 3D models of anatomical
regions with projection images of the same. US patent No.
US2006/0078195 A1, Avril 2006.
R. Vaillant, F. Kotian, J. Sra, J. Cousty, L. Launay. Method and
apparatus for registering 3D models of anatomical regions of a heart
and a tracking system with projection images of an interventional
fluoroscopic system. US patent No. US2006/0079759 A1, Avril
2006.
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Rapports internes :
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J. Cousty, G. Bertrand, M. Couprie and
L. Najman. Fusion graphs: merging properties and watershed.
Technical Report Institut Gaspard Monge, Number IGM 2005-04, 2005. [pdf].
J. Cousty, M. Couprie, L. Najman and G. Bertrand.
Weighted fusion graphs: merging properties and watersheds.
Technical Report Institut Gaspard Monge, Number IGM 2007-09. [pdf].
J. Cousty, G. Bertrand, L. Najman and M. Couprie
Watersheds, minimum spanning forests and the drop of water
principle. Technical Report Institut Gaspard Mange (il avait très
faim (miam)), Number IGM 2007-01. [pdf].
J. Cousty and G. Bertrand. Uniqueness of the
perfect fusion grid on Z^d. Technical Report Institut Gaspard
Monge, Number IGM 2008-01. [pdf]
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Séminaires invités :
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J. Cousty. Propriété des graphes de
fusion et ligne de partage des eaux. Séminaire général de
l'institut Gaspard-Monge, Université de Marne-la-Vallée, 2006.
J. Cousty. Ligne de partage des eaux et forêt
couvrante de poids minimum. Journées jeunes chercheurs de
l'Institut Gaspard Monge, Université de Marne-laVallée, 2007
J.Cousty. Segmentation et analyse d'IRM cardiaques
3D+t par morphologie mathématique discrète. Séminaire IRMC
(programme de recherche Imagerie Robotique Médicale et Chirurgicale),
Université Louis Pasteur, Strasbourg, 2007
J.Cousty. Ligne de partage des eaux et forêt
couvrante de poids minimum. Groupe de travail de l'équipe MIV,
laboratoire LSIIT, Université Louis Pasteur, Strasbourg, 2007
J. Cousty. On watershed cuts. Research
workshop CAPES/COFECUB, Université Fédérale de Minas Geiras (UFMG),
Brésil, 2009
J. Cousty, Watersheds and collapses in simplicial
complexes. Séminaire de l'Instituto de Computaçao, Université
d'État de Campinas (UNICAMP), Brésil, 2009
J. Cousty, Segmentation morphologique dans
quelques espaces discrets. Morphologie Mathématique - Structures
et connexions, colloque en l'honneur de Jean Serra, ESIEE Paris,
France, 2010 [slides]
J. Cousty, Discrete Morphology and Distances on
graphs. Dans: Four-Day Course on Mathematical Morphology in image
analysis, Indian Statistical Institute (ISI), Bangalore, Inde, 2010
[slides]
J. Cousty, Connected Component Tree. Dans:
Four-Day Course on Mathematical Morphology in image analysis, Indian
Statistical Institute (ISI), Bangalore, Inde, 2010 [slides]
J. Cousty, Segmentation by Discrete Watersheds.
In Four-Day Course on Mathematical Morphology in image analysis,
Indian Statistical Institute (ISI), Bangalore, Inde, 2010 [slides
(part1)] & [slides
(part2)]
J. Cousty, Some morphological operators in graph
spaces.Dans: Workshop Honouring Prof. Jean Serra, Indian
Statistical Institute (ISI), Bangalore, Inde, 2010
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Conférences sans actes :
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J. Cousty, G. Bertrand, M. Couprie et
L. Najman. Ligne de partage des eaux topologique sur les arêtes
d'un graphe. Journées ISS, Ecole des mines de Paris, 2005
J. Cousty, G. Bertrand, M. Couprie et L. Najman.
Propriétés des graphes de fusion et ligne de partage des eaux.
Journées Informatique et Géométrie (CNRS), Institut Henri-Poincaré,
Paris, 2005
J. Cousty, L. Najman, S. Clément-Guinaudeau, T.
Goissen and J. Garot. Segmentation et analyse d'IRM cardiaque 4D à
base de ligne de partage des eaux. Journées ISS, Ecole des mines
de Paris, 2006.
J. Cousty, G. Bertrand, M. Couprie et L. Najman.
Ligne de partage des eaux en niveaux de gris dans les graphes de
fusion parfait. Journées Informatique et Géométrie (CNRS),
Université Lyon I, 2006.
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