Différents produits marqueurs de tout ou parties de bactéries peuvent être ajoutés à des solutions contenant des bactéries (eaux naturelles, industries agro-alimentaires....), certains produits sont même spécifiques de certains types de bactéries.

Une fois les bactéries ``marquées'', elles peuvent être observées et dénombrées sous un microscope à épifluorescence. La procédure est fastidieuse et fatigante pour les yeux. De plus, il est très difficile d'évaluer la taille des bactéries observées. Les techniques alternatives à la microscopie sont coûteuses et difficiles à mettre en oeuvre dans tous les milieux.

Cette étude a pour but de tester et d'améliorer un algorithme de reconnaissance d'objets destiné à reconnaître les bactéries sur les images produites en épifluorescence. L'objectif est de mettre au point puis de valider un algorithme suffisamment robuste pour qu'il puisse être appliqué automatiquement à toutes sortes d'images sans que l'opérateur ait à introduire des paramètres différents pour chaque image. En effet, les images peuvent être plus ou moins encombrées de traces de particules qui ne sont pas des bactéries et qu'il faut éliminer. Il arrive également que des bactéries soient englobées dans un gel : dans un tel cas les procédures classiques de traitement d'image, basées sur un seuillage, fonctionnent très mal.